En række ikke-kommunale skoler og institutioner er igennem tiderne blevet placeret i Løgumkloster. En stor del af disse har udspring i det kirkelige miljø.

Dette gælder Refugiet, Højskolen, Teologisk Pædagogisk Institut, Kirkemusikskolen, Klokkenistskolen samt Løgumkloster Kirke. I den forbindelse skal også Frederik d. IX's Klokkespil nævnes som en ganske særlig institution i Løgumkloster.

I Løgumkloster findes 2 efterskoler, nemlig Løgumkloster Efterskole og Sportsefterskolen SINE og 2 privatskoler, Løgumkloster Friskole og Deutsche Schule Lügumkloster.